Masjid merupakan elemen yang tak dapat dipisahkan dari pesantren dan dianggap sebagai tempat yang paling tepat untuk mendidik para santri, terutama dalam praktik sembahyang lima waktu, khutbah dan Salat Jumat, dan pengajaran kitab-kitab klasik. Kedudukan Masjid sebagai pusat pendidikan dalam tradisi pesantren merupakan manifestasi dari sistem pendidikan Islam tradisional. Dengan kata lain, kesinambungan sistem pendidikan Islam yang berpusat pada Masjid sejak Masjid Quba yang didirikan dekat kota Madinah pada masa Nabi Muhammad saw. tetap terpancar dalam sistem pesantren.
Sejak didirikan, alhamdulillah, Masjid Jami’ Al-Amien Prenduan senantiasa marak dengan beragam kegiatan. Sampai saat ini, Masjid Jami’ Al-Amien Prenduan, benar-benar multifungsi sebagaimana cita-cita awal saat akan dibangun. Selain sebagai tempat pelaksanaan salat berjamaah 5 waktu, pelaksanaan salat Jumat, serta tempat kegiatan hiwar setiap Jumat ba’da Subuh, tempat prosesi akad nikah, tempat praktik ibadah amaliah, tempat menghafal al-Qur’an bagi santri yang menghafalkan al-Qur’an, tempat menyambut para tamu pondok sekaligus tamu tersebut diberi kesempatan untuk memberikan motivasi kepada para santri, tempat kegiatan tahsinul qira’ah dan tahsinul ibadah, tempat pembacaan tahlil dan selawat Ad-Diba’i setiap malam Jumat, tempat belajar karena di Masjid terdapat dua perpustakaan yaitu perpustakaan pusat Pusat Studi Islam (Pusdilam) dan perpustakaan organisasi santri ISMI, selain itu kadang Masjid juga dijadikan kelas untuk materi-materi yang behubungan dengan ibadah amaliah.
Sejak tahun 2005, saat saya duduk di kelas 5 TMI, pertama kali melakukan program Ramadan in Campus. Selama bulan Ramadan, saya menyaksikan pemandangan yang menyenangkan di Masjid Jamik Al-Amien. Tidak hanya semarak dengan kegiatan Salat Berjamaah, namun juga ramai dengan kegiatan santri yang mukim menghafal beberapa surah Al-Qur’an bagian dari kewajiban penyetoran SKKA kala itu. Setiap pagi, sore dan malam hari, ada beberapa kiai yang mengajarkan Kitab Tafsir Jalalain dan Kitab Riyadhus Shalihin. Namun yang paling saya ingat, para kiai hampir sebulan penuh, melakukan iktikaf di Masjid Jami’ Al-Amien.
Selama bulan Ramadhan, kamar takmir bagian utara ditempati oleh Kiai Tidjani dan ruang takmir bagian selatan, ditempati oleh Kiai Idris. Kedua kiai tersebut, hanya pulang ke rumahnya, hanya untuk sahur dan buka puasa saja. Tradisi iktikaf juga dilakukan oleh kiai yang lain dan para guru, hampir di setiap sudut Masjid, ada hamparan sajadah para kiai berikut bekal sahur dan takjil mereka. Sungguh mengesankan. Iktikaf bulan puasa itu terjadi sebulan penuh. Kebiasaan iktikaf kedua kiai di atas yang menjadikan keteladanan bagi para guru, sehingga banyak guru di Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan yang kemudian juga ramai melakukan iktikaf di Masjid Jami’ Al-Amien selama bulan Ramadhan. Di setiap jam 12 malam, Kiai Jakfar Shodiq dan guru lainnya, biasanya akan berkeliling asrama, membangunkan para santri yang mukim di pondok, untuk melakukan iktikaf ke Masjid.
Dari tahun 2005 inilah, saya terkadang pada saat bulan Ramadan selanjutnya (selama menjadi guru abdi), lebih memilih tinggal di pondok, karena ingin menyaksikan semaraknya para kiai dan guru di pondok pesantren Al-Amien Prenduan, melakukan munajat doa bersama kesucian Bulan Ramadan, terutama di waktu tengah dan sepertiga malam. Kini, beberapa kiai yang memiliki tradisi iktikaf, satu per satu sudah menghadap pada Sang Khalik. Terkadang saya merindukan wajah beliau semua saat beriktikaf. Biasanya setiap tahun di Bulan Ramadan, saya melihat Kiai Zainullah Rois, sudah duduk beriktikaf di Masjid bagian depan selatan sejak jam 12 malam. Begitu juga dengan guru senior lainnya.
Jum’at pagi, saya mendengar kabar duka kembali, Kiai Jakfar Shodiq juga kembali ke haribaan Allah. Tentu kesedihan ini berhubungan dengan kerinduan yang akan datang pada saat Bulan Ramadan mendatang, saya tidak lagi akan melihat beliau, duduk beriktikaf di Masjid Jami’ Al-Amien Prenduan.